Dopo aver frequentato l’istituto alberghiero Pellegrino Artusi di Recoaro Terme e aver lavorato nel ristorante Da Remo di Vicenza, la svolta professionale avviene quando nel 1986 collabora con Gualtiero Marchesi a Milano. I piatti tipici per i quali ottiene il premio sono l’uovo marinato, l’insalata russa caramellata, melanzane ai fiori di Sambuco con gamberi e il riso con le lenticchie.[In seguito lavora ne La Meridiana a Garlenda e a Parigi, dove ha studiato la cucina francese presso il ristorante dello chef Alain Ducasse e al Lucas Carton sotto la guida di Alain Senderens.
In seguito Carlo Cracco è tornato in Italia, a Firenze, dove è stato primo chef presso l’Enoteca Pinchiorri. Durante la sua conduzione, l’enoteca ottiene per la prima volta tre stelle sulla Guida Michelin. Gualtiero Marchesi lo chiama nuovamente per l’apertura del suo ristorante L’Albereta a Erbusco, dove Cracco ha lavorato come chef per tre anni. Subito dopo ha aperto Le Clivie in Piobesi d’Alba, ristorante il quale, dopo solo un anno, guadagna una stella Michelin.
Nel 2001, su invito della famiglia Stoppani, proprietaria del negozio di gastronomia Peck, Cracco apre il ristorante Cracco Peck a Milano, dove lavora come executive chef fino al 2007. Con il suo arrivo, il ristorante guadagna due stelle Michelin. Dal 2007 diventa patron chef del ristorante, che rinomina semplicemente in Cracco. Nell’edizione 2018 della Guida Michelin il ristorante perderà la seconda stella.
Nel 2011 è socio fondatore e presidente dell’associazione non profit Maestro Martino; da metà febbraio 2014 ha dato vita al bistrot Carlo e Camilla in Segheria, che prende il nome da una vecchia segheria in disuso, mantenuta nella sua struttura originale, nella zona dei Navigli di Milano.
Nel novembre del 2016 ha aperto il suo primo ristorante all’estero, OVO by Carlo Cracco, situato a Mosca, all’interno dell’Hotel Lotte,nominando come chef il giovane Emanuele Pollini,[11] il quale, precedentemente, aveva lavorato per lui al ristorante “In Segheria”.
Il 4 marzo 2017, contestualmente all’annuncio dell’abbandono del ruolo di giudice di MasterChef Italia, ha dichiarato di volersi dedicare ad altri progetti, come l’apertura di due nuovi ristoranti a Milano, uno dei quali in Galleria Vittorio Emanuele II, inaugurato nel 2018. Il secondo ristorante è stato inaugurato il 26 aprile 2021 nella zona dei Navigli.
Nel 2019 gli viene conferito alla Camera dei deputati il Premio America della Fondazione Italia USA.[14]
Dal 2011 al 2017 è stato tra i giudici di MasterChef Italia: le prime quattro edizioni con Bruno Barbieri e Joe Bastianich, ai quali s’affiancò, nella quinta e sesta, lo chef Antonino Cannavacciuolo. Il 13 febbraio 2013 partecipa al Festival di Sanremo, condotto da Fabio Fazio, per proclamare la cantante Annalisa. Dal 2014 al 2018 ha condotto Hell’s Kitchen Italia.
Nel 2018 su Nove va in onda Cracco Confidential, docu-film realizzato sulle attività dell’anno precedente: dalla chiusura del ristorante “via Hugo”, all’inaugurazione del nuovo “in Galleria”, oltre alla carriera e la vita dello chef (dal matrimonio con Rosa alla morte del maestro Gualtiero Marchesi). Nel programma ci sono interventi della moglie Rosa Fanti Cracco, del braccio destro Luca Sacchi, della brigata, degli architetti del progetto e dei suoi amici che raccontano la vita dello chef.
Nel luglio 2021 inaugura a Portofino il suo primo ristorante completamente senza carne, annunciando di aver drasticamente ridotto la carne anche nei menù dei suoi ristoranti di Milano